Es wird nicht zwischen Dauer- und Wechselausstellung unterschieden: Jährlich zum 15. September findet ein Ausstellungswechsel statt, der ausgewählte Objekte der eigenen Sammlung als Museum auf Zeit in jeweils neuen Kontexten präsentiert.
Die Architektur bietet einen Einblick in die zweitausendjährige Geschichte Kölns. Das Gebäude umfasst die Ruinen der Kirche St. Kolumba, die im Zweiten Weltkrieg zerstört wurde, sowie die Kapelle.